質量分析は、以下の 2 つの質問に回答することができます。「サンプル中に何が含まれているのか?」、そして「サンプル中にどれくらいの量が含まれているのか?」です。必要とされる選択性と感度に応じて、異最適な LC/MS システムが異なります。
ほとんどすべての LC/MS イオン源は、荷電種を中性分子に付加する原理で動作します。この形式のイオン化は GC/MS とは異なり、分子自体が電子を失うことはありません。しかし、付加体は、通常 H+ プロトンを獲得したり(ポジティブイオンの場合)、プロトンを失ったりします(ネガティブイオンの場合)。そのため、LC/MS は、サンプル化合物を分解せずにイオンを生成することができ、分析対象物のインタクト質量を検出することができます。このプロセスは、ソフトイオン化とも呼ばれます。
最適なイオン源は分析対象物の極性と分子量から選択します。エレクトロスプレーイオン化(ESI)は、多価に電荷するサンプル(タンパク質、ペプチド、オリゴヌクレオチドなど)の分析に有用です。また、1 価のサンプル(低分子医薬品、農薬、代謝物など)の分析も可能です。大気圧化学イオン化(APCI)は、中程度の分子量を持つ幅広い極性および非極性の分析対象物に適用できます。