液体クロマトグラフィー/四重極 TOF 質量分析（LC/Q-TOF）を用いた天然タンパク質分析により、真の生物学的状態にあるインタクトタンパク質およびタンパク質複合体（モノクローナル抗体を含む）の研究が可能になります。インタクトタンパク質プロファイリングは、サンプルのフィンガープリントを見い出し、翻訳後修飾（PTM）などのサンプル間のタンパク質の違いを明らかにすることができます。ペプチドベースのプロテオミクスアプローチと比較して、インタクトタンパク質プロファイリングは、タンパク質アイソフォームの違いに注目し、サンプルの複雑さとサンプル前処理要件をともに低減することができます。アジレント独自の高分子特性抽出（MFE）アルゴリズムは、リテンションタイムと正確な質量を使用して、複雑なサンプルのタンパク質をプロファイリングします。大規模なデータセットから得られたタンパク質の特徴は、タンパク質の比較研究を目的とした統計解析と視覚化に利用できます。
MS によるタンパク質複合体のインタクトなネイティブ分析には、内部エネルギーの低いイオンのイオン化と透過が必要です。このアプリケーションノートでは、可溶性タンパク質、膜タンパク質、分子量が 800 kDa を超えるシャペロニンタンパク質複合体などの大型の生体分子の分析について説明します。この研究で、さまざまなインタクトタンパク質複合体の分析における Agilent 6545XT AdvanceBio LC/Q-TOF MS の優れた性能が実証されました。
アジレントは e-MSion と共同で、Agilent 6500 シリーズ LC/Q-TOF システムを使用したペプチドおよびタンパク質の電子フラグメンテーション分析を提供しています。電子捕獲解離（ECD）は、低エネルギー電子をイオンに照射することで起こり、N-C αバックボーン結合が切断されて c および z イオンが生成されます。ECD を利用すると、不安定な翻訳後修飾がペプチド骨格フラグメントに保持され、部位の局在化が可能になります。ECD を用いて、不安定なグループを失うことなく PTM の特性解析を進める方法について紹介しています。
電子ベースのフラグメンテーションを使用して、ネイティブ状態と非ネイティブ状態から得られる構造的知見について詳しく紹介しています。これらの新しい技術を組み合わせたアプリケーションは、タンパク質複合体の構造的特徴とエネルギー状態を解明する新しい可能性を開きます。
このポスターでは、e-MSion のテクノロジーを使用して Q-TOF システムから取得した ECD および EID フラグメンテーションを使用して、より高いシーケンスカバレッジとより低い誤検出率でペプチドおよびインタクトタンパク質を研究する方法を紹介しています。
最近の市販機器が進歩したことにより、質量分析計の拡張質量範囲モードを使用した、大規模な生体分子（>100 kDa）のルーチン分析が可能になりました。また、ハードウェアとソフトウェアが改良され、静的ナノエレクトロスプレーイオン化（nESI）も成熟の域に達したことにより、感度が向上し、サンプル消費量が最小化されました。これらの改良により、質量電荷比値が高い（30,000 m/z に近い）高分子の天然タンパク質やタンパク質複合体の分析が、感度や質量分解能を大きく損なうことなく実施できるようになりました。
キャピラリー等電点電気泳動（CIEF）と高分解能で正確な質量測定とを利用して、電荷変異体を同定することにより、生物製剤の開発と製剤化、および安定性試験を加速する方法について紹介します。
キャピラリーゾーン電気泳動-質量分析（CZE-MS）を使用した変性およびネイティブトップダウンプロテオミクスの進展Agilent Q-TOF MS を用いた CZE-MS は、ナノ UPHLC と比較して、インタクトタンパク質のより優れた分離を実現し、サンプルの制限がある実験で優れた感度が得られます。
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