液体クロマトグラフィー/質量分析（LC/MS）プロテオミクス実験では、有意義な情報を得るために、膨大な量のデータを生成して、それらを解釈する必要があります。アジレントは、検出、ターゲット、およびタンパク質プロファイリングのワークフローをサポートするソフトウェアの包括的なポートフォリオを提供しています。プロテオミクスデータ解析用の統合ソフトウェアソリューションは、タンパク質データベースの検索と品質評価を実行し、ペプチドスペクトルライブラリを構築し、以前の結果を新しい実験に適用し、MRM メソッドを作成し、ターゲットタンパク質を定量化することができます。アジレントのソフトウェアにより、シングルまたはマルチオミクス実験の統計結果を標準的な生物学的パスウェイにマッピングして、パスウェイ情報の解析と視覚化の両方を行い、解釈を容易にすることができます。
ワシントン大学の MacCoss Group によるペプチド定量用の Skyline ソフトウェアは、Agilent LC/MS 機器およびソフトウェア用の無料の Windows クライアントアプリケーションです。プロテオミクス研究者向けに設計されたこのソフトウェアは、Agilent MassHunter ソフトウェアのマルチプルリアクションモニタリング（MRM）およびダイナミックMRM（dMRM）、トリガーMRM（tMRM）モードをサポートし、複雑なサンプルで目的の定量および定性シグナルを簡単に取得できるように手助けします。
このアプリケーションノートでは、精密質量測定を利用して、インタクトなモノクローナル抗体サブユニットの特性を評価するための統合ワークフローについて説明しています。AssayMAP Bravo の自動化機能を用いた人為的ミスの可能性の低減、再現性の向上について紹介します。
細胞内の前立腺がんバイオマーカーを解明するための探索プロテオミクスワークフローについて説明しています。Agilent Mass Profiler Professional ソフトウェアにより、重要な特異的タンパク質を同定し、Agilent Pathway Architect ソフトウェアによって生物学的パスウェイにマッピングしました。
このプレゼンテーションでは、Agilent LC/MS システムとデータ統合用の Skyline ソフトウェアを使用して、MRM ベースのターゲットタンパク質およびペプチドの定量を効率化および簡素化する方法について説明します。
Agilent GeneSpring と Mass Profile rProfessional（MPP）ソフトウェアを使用して、多形性膠芽腫（GBM）腫瘍に関連するコピー数異常（CNA）とともに、mRNA、miRNA、およびタンパク質発現の統合マルチオミクス分析を行う方法を紹介しています。
Agilent MassHunter ワークステーションソフトウェアには、機器コントロール用の取り込みモジュールと、定量および定性データ解析機能が備えられています。MassHunter 定量分析ツールによりデータ処理が自動化されるため、定量結果が迅速に得られます。これらのツールにより、使用する結果基準をカスタマイズすることができ、詳細な確認を必要とする結果が強調して表示されます。
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