ゲノミクス - 注目論文リスト　アーカイブ　（CGH）

CGH ：次世代 DNA シーケンサが分子生物学に革命をもたらし、北西ヨーロッパ人／アフリカ人／中国人など、人種別の全ゲノム解読成果が次々に報告されています。今回、ソウル大学の研究者らは、韓国人の一人の男性の全ゲノム配列を解読するとともに、アジレントがデザインした2400万のタイリングプローブを含むカスタム CGH アレイを用いて、HapMap サンプルとの比較からコピー数の欠出および増幅領域を同定しました。この論文ではシーケンサでも検出できた確度の高いコピー数多型 （Copy Number Variants） の候補領域が報告されましたが、その多く （概ね半分） は既知の CNV データベースに登録されていない新規なものでした。またこの論文では、コピー数多型の検出において、解像度と品質の高い Agilent の CGH アレイが他のマイクロアレイのプラットフォームに比べて CNV 検出力が高いことが示されました。今後、次世代シーケンサ関連ツールの開発や整備が進む中、アジレントのカスタム／カタログマイクロアレイを組み合わせることで、ゲノムの変異を効率よく解析する研究が進むものと期待されます。

CGH ：近年、統合失調症や自閉症などの疾患で CNV 領域が注目されていますが、CNV の原因となる分子メカニズムは未だ良く分かっていません。米国の Lupski博士が率いる研究チームは、07年の雑誌 ”Cell” にゲノム疾患の DNA 複製メカニズムとして提唱した FoSTeS （Fork Stalling and Template Switching）機構が CNV を説明できるかを検討しています。今回彼らは、特定のゲノム領域に構造変異が起こることで知られる Charcot-marie-tooth病などの患者群に対し、疾患責任領域にフォーカスした ４パックや ８パックのカスタム CGH マイクロアレイを作成し、疾患を持った家族や健常対照サンプルを集めて効率よく CGH 実験を行いました。そして、切断点付近の構造変化と塩基配列 （シーケンス解析） とを併せて検討した結果、「複製 DNA 合成時に近くにある 5塩基程度のホモロジー配列を介在してゲノム切断が引き起こされることにより、ゲノムの特定領域のコピー数増加やエクソン組み換えが起こる」と説明出来ることを示しました。彼らは、解像度の低い FISH や現行の次世代シーケンサ解析では、CNV の分子メカニズムを見落とす可能性が高いことも述べています。