2100 bioanalyzer によるアレイ CGH に用いる DNA の品質チェック

Pub.No. 5989-2487EN

DNA QC for Oligonucleotide Array CGH (aCGH) with the Agilent 2100 Bioanalyzer (2100 bioanalyzer によるアレイ CGH に用いる DNA の品質チェック)

RepliG phi29 amplification キットを用いてゲノム DNA の増幅を行い CGH 実験を行う際に、スタート量を減らすこと （50ng、5ng、0.5ng、50pg、5pg、0.5pg） の影響について、バイオアナライザを用いて検証を行いました。正常ゲノム DNA (male) の phi 増幅産物を精製後バイオアナライザ RNA6000 ナノキットで調べた結果、スタート量を減らすほど、非特異的な増幅が特異的増幅よりも多く生じることが確認されました。また、増幅物を制限酵素処理しカラム精製を行ったものを DNA7500 キットで確認した結果、0.5pg とネガティブコントロール （鋳型なしの増幅） で複数のピークを伴う他と異なる泳動パタンを示した。この現象は Cyanine3 および Cyanine3 ラベル化 DNA の泳動結果でも同様に確認された。一方、CGH のデータでは 5ng,0.5ng は 50ng に比べてノイズの上昇が確認された。

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