マイクロダイセクションサンプル由来の Total RNA 中に混在したゲノム DNA の分析

Pub.No. 5989-0991EN

Assessing genomic DNA contamination of total RNA isolated from kidney cells obtained by Laser Capture Microdissection using the Agilent RNA 6000 Pico assay （マイクロダイセクションサンプル由来の Total RNA 中に混在したゲノム DNA の分析）

マウス胎生期腎組織片からマイクロダイセクション （PixCell II) により採取した試料からの total RNA (RNeasy Mini, QIAGEN) をもとに、混入ゲノム DNA が泳動プロファイルに与える影響を調べた。
抽出 RNA (Rneasy Mini, QIAGEN) にマウス尾から抽出したゲノム DNA を加えると、rRNA (28S ・ 18S) ピークの間になだらかなピークが出現した。さらにその試料を DNase 処理すると、なだらかなピークはなくなった。
また、LCM から RNA を抽出する行程で組織溶解物を RNA 精製カラムにアプライする前に ２つに分け、DNase 処理の有無の差を比較した場合でも、その現象が再現された。このことより、本例で検出された 18S ・ 28S ピークの間に出現したピークはゲノム DNA 由来であると考えられる。

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