MOPS 緩衝液ゲルに代わる total RNA 品質および断片化 cRNA の確認方法

Pub.No. 5988-9861EN

Advancing the quality control methodology to assess isolated total RNA and generated fragmented cRNA （MOPS 緩衝液ゲルに代わる total RNA 品質および断片化 cRNA の確認方法）

total RNA 品質および cRNA 断片化の確認について、RNA の電気泳動でよく用いられる MOPS 緩衝液ゲルとバイオアナライザとで比較した。
Total RNA 品質確認については、MOPS ゲルでは rRNA の検出が不明瞭なため品質が悪いとされた試料に関して、バイオアナライザでは明瞭にrRNAピークを検出し品質を細かく確認することができ、偽陰性試料を防ぐことができた。 また、cRNA 断片化確認について （マイクロアレイ（Affimetrix） にハイブリダイズする試料の調製行程で、cRNA が最適な長さにまで断片化されていることを確認することが重要である） MOPS ゲルで確認を行う際、分子量マーカーの情報から概ねの分子量は予測できるが、不均衡な泳動や泳動超過などが起きる時もあり、また、断片化した低分子 cRNA の分離能が悪いために、あいまいで主観の混じった結果が得られることがある。一方、バイオアナライザ RNA6000 Nano（mRNA Smear Nano Assay） により断片化された cRNA を高感度・高分解能で分析し、標的分子量にまで断片化された cRNA の割合を客観的に評価することが可能である。

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