Total RNA の定量におけるバイオアナライザ ・ Ribogreen ・ UV 吸光度計の比較

Pub.No. 5988-7650EN

Quantitation comparison of total RNA using the Agilent 2100 bioanalyzer, ribogreen analysis and UV spectrometry （Total RNA の定量におけるバイオアナライザ ・ Ribogreen ・ UV 吸光度計の比較）

大腸菌 (E.coli) total RNA にて希釈系列を作成し、UV 分光光度計 （A260)・Ribogreen (Molecular Probes) ・バイオアナライザで濃度測定を行った結果、いずれの手法でも良い直線性を与えた （バイオアナライザ 2.5-500 ng/uL で r2=0.9976）。再現性は、UV が最もよく、バイオアナライザと Ribogreen がほぼ同程度であった。
また低分子ゲノム （100-300 bp)、高分子ゲノム （>50 kb)、フェノールがサンプル中に混入した場合の影響も調べた。 低分子ゲノム混入の場合、いずれの手法でも定量結果には影響が見られ、さらにバイオアナライザでは泳動パターン上で低分子領域のなだらかなピークとしてゲノムを検出することができた。分子量約 20 kbp 以上のゲノムが混入した場合、バイオアナライザの泳動パターン上にはゲノムピークが検出されなくなった。ゲノムが分離チャネルに注入されなくなったからであり、RNA のピークのみ表示され濃度測定にあまり影響が見られなかった。しかし高濃度 （本例では 20% w/v) 混入すると、チャネルに「詰まり」を生じさせベースライン不安定など泳動パターンに異常が生じた。フェノールが混入した（～5 %） 場合、UV 測定には大きく影響がみられたが、バイオアナライザの濃度測定にほとんど影響がみられなかった。

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